夢窓疎石を開山として、室町三代将軍・足利義満によって相国寺が創建されました。その相国寺の創建600年記念事業の一環として、本山の相国寺、鹿苑寺（金閣寺）・慈照寺（銀閣寺）、他塔頭寺院が所蔵している美術品を受託し、国宝5点、重要文化財144点を含む多くの文化財が収蔵されており、毎年テーマを定めた企画展も随時開催されています。また、重要文化財である伊藤若冲の「葡萄小禽図」「月夜芭蕉図」が常設展示されています。

鎌倉時代に伝えられた禅宗は、歴代の室町将軍の手厚い保護をうけて隆盛をきわめ、室町文化の形成に大きな役割を果たしました。その後、江戸時代中期になると相国寺は禅宗文化の拠点として人々を魅き付けました。その代表として伊藤若冲が挙げられます。若冲は禅宗に深く帰依した宗教人としても有名で、相国寺の住持大典和尚と交友関係にありました。この関係から若冲は、相国寺・金閣寺・銀閣寺に伝来する中国や日本の古画に接する機会に恵まれ、その縁を生かした作品を数多く制作しました。また、「釈迦三尊図」3幅対や「動植綵絵（さいえ）」30幅を寄進し、鹿苑寺（金閣寺）の大書院の襖絵も手がけました。

鎌倉時代に栄西禅師が茶道具一式と茶種を日本に伝え、その後、茶を飲む習慣が広まっていきました。室町時代になると、禅院の茶は足利家や武家・公家の間で流行し、華やかな茶会が開かれるようになります。足利家は日明貿易を背景に数多くの唐絵や唐物を輸入し、そのコレクション（東山御物）の一部は足利八代将軍義政によって東山殿（銀閣寺）にも伝えられ、東山文化として人々に広まっていきました。