1665年（寛文5）公海大僧正によって毘沙門堂とともに再建された毘沙門堂門跡の塔頭です。正式名称は「護法山双林院」ですが、本尊に大聖歓喜天（だいしょうかんきてん）を祀ることから
山科聖天と親しまれています。
「大聖歓喜天」聖天さんは仏教の守護神で、十一面観音とガネーシャ神の化身の姿をしており、頭が象、首から下は人間という、二体が向かい合って抱擁されている陰陽和合の「男女合体神」です。厨子に納められ、直接お姿を見ることはできない秘仏として拝まれています。

本尊のほかにも、武田信玄など多くの信徒や寺院から奉納された聖天像も70数体合祀し、その数は他に類がなく、願いの叶う霊験あらたかな山科聖天として広く信仰されています。

山門を入って正面の堂内で大護摩が焚けるという不動堂には、明治16年に比叡山無動寺より勧請された不動明王が安置されています。1571年(皇紀2231)元亀２年の織田信長による比叡山焼き討ちのときに損傷した仏像の部材300以上を集めて造仏されたと言われており、顔の左右は馬頭観音と愛染明王が合わさり、頭には如来のような螺髪（らほつ）があり、頭の頂点には楊枝状の部材100本が納められ 、他に例のない大変珍しい仏像です。
織田信長の焼き討ちにより損傷した多くの仏像を当時の仏師が二度とこのような悲劇が起こらないよう祈りを込め、災難の種を護摩の炎により消滅させ、私たち人間の苦しみの身代わりになって願いが叶えていただける不動明王として蘇らせたものであると言われています。

また、不動堂の右奥の崖下には、一本の清らかな滝が落ちています。右に石造りの「お滝不動」がお祀りされており、不動明王・阿弥陀仏のお姿を拝むことができます。不定期で滝行体験も行っています。