化野は古来より鳥辺野、蓮台野ともに葬地として知られ和歌では　｢化野の露｣として人生の無常をあらわす枕詞に使われています。
寺伝によれば当寺は空海が弘仁年間（810～824）に小倉山寄りを金剛界、曼茶羅山寄りを胎蔵界と見立てて千体の石仏を埋め中間を流れる川〔曼荼羅川〕の河原に五智如来を立て、一宇を建立し五智如来寺と称したのが始まりといわれています。
当初は真言宗でしたが鎌倉時代の初期に法然の常念仏道場となり浄土宗に改められ、名も念仏寺と呼ばれるようになりました。1712年（正徳2）黒田如水の外孫の寂道が再建したといわれています。本堂には本尊の阿弥陀如来像を安置し、境内には賽の河原を現出した多数の石塔、石仏が立ち並んでいます。

毎年8月23、24日の両日には、境内8000余基の石塔、石仏に灯を供える千灯供養が行われます。参拝者により点火された灯明は無縁仏供養で、京都の夏の風物詩となっています。

境内の8000体以上もの石仏は、秋には鮮やかに色づいた紅葉に囲まれます。石仏とかえでの紅葉とのコントラストがとても美しく、圧巻です。