大国主命、事代主命、櫛稲田姫命の三柱をまつる神社で994年（正暦5）に船岡の上に創立されたといい、疫病除のために御霊会を修せられ1000年（長保2）に始めてこの三柱を現地に勧請せられました。
本殿は1892年（明治25）の再建で、その西にある疫神社は本社が鎮座される以前からあったといわれています。

京都西陣の八百屋の娘が徳川3代将軍家光の側室となり、5代将軍綱吉の生母・桂昌院として従一位となったことから「玉の輿」と言うことわざが出来たとの説があります。桂昌院は京都の寺社の復興に力を注ぎましたが、氏神である今宮神社の復興にも力を入れ社殿を修復したと言われています。

「夜須礼（やすらい）」「鎮花祭」｢やすらい花｣ともいい、「鞍馬の火祭」「太秦の牛祭」とともに京都の三大奇祭の一つに数えられています。
平安時代後期、厄病や災害が蔓延し、京都の人々を大いに苦しませ、これらを鎮めるために各所で御霊会が営まれました。疫神の託宣により、今宮神社が創祀されたと伝えられます。社伝によると、桜の散り始める陰暦3月に疫病が流行したので、花の霊を鎮め、無病息災を祈願したのが祭りの起こりといわれています。