宇治川東岸、朝日山の山裾にある神社です。
創建年代などの起源ははっきりしていません。菟道稚郎子は応神天皇の皇子で、父に愛され皇太子に立てられましたが、兄である仁徳天皇と皇位を譲り合い、自殺して皇位を譲ったと伝えられています。（皇位継承争いをしたとの説もあり）
明治維新前、両社を合わせて宇治離宮明神、八幡社と呼ばれ、近くの宇治神社を下社・若宮とするのに対して、宇治上神社は上社・本宮とされていました。
平成16年（2004年）2月、奈良文化財研究所・宇治市等が年輪年代測定調査を行った結果、本殿は1060年頃の現存最古の神社建築であることが裏付けられ、1052年創建の平等院との深い関連性（その鎮守社と言う）が伺えます。

宇治には７ヶ所の湧き水「宇治七名水」がありましたが、そのうちの６ヶ所は失われてしまい、現在唯一残っているのは宇治上神社の境内の片隅に湧く「桐原水」（きりはらすい）のみです。
こちらは参拝者が心身を清める手水舎として使用されており、飲むことはできませんが、ぜひ貴重なお水に注目してみてください。

本殿東側には、注連縄（しめなわ）を張った巨石があります。
宇治上神社の宮司さんの話によると、かつて本殿があった場所を示す岩だそうです。
ただ崇敬者の間では「天降石」、「岩神さん」の愛称で親しまれていて、願かけのスポットになっています。
たくさんの小石が積まれていますが、これはすべて参拝者が積んだ積み石で、「落とさずに積むと願いが叶う」との噂が広がった結果です。