774年（宝亀5）光仁天皇の勅願で建立されたとの伝えもありますが、当時の実態は明らかにはなっていません。平安時代には、近隣の神護寺の別院とされ、神護寺十無尽院（じゅうむじんいん）と称されていました。これは本寺から離れた、隠棲修行の場所であったといわれています。
鎌倉時代に入り1206年（建永1）、高山寺中興の祖とされる華厳宗の僧、明恵（みょうえ）が後鳥羽上皇から栂尾の地を与えられ、寺院を再建しました。また上皇からは「日出先照高山之寺」の額も下賜され、この句が今日の寺号となりました。中世以降、戦乱や火災によってたびたび焼失しましたが、石水院（国宝）は、鎌倉時代初期よりの寝殿造りを今に残しています。
1966年、仁和寺による双ヶ丘の売却に抗議し、真言宗御室派から離脱、真言宗系の単立寺院となりました。

北山杉の里にある高山寺は、騒々しい街中とは比べものにならないほど静寂な時がゆったりと流れています。鎌倉時代に明恵上人が開いた寺で、「鳥獣人物戯画」（国宝）が有名です。モミジのパノラマが展開され、国宝・石水院からの眺望が素晴らしいです。楓が赤く燃えて明るさを増し、高尾、槙尾に負けない美しさです。
また、高山寺は日本で初めて茶が作られた場所です。

※いただける御朱印の種類は、期間によって変わる場合があります。