真宗大谷派の本山で、正式名は真宗本廟です。西本願寺と区別して一般に東本願寺と呼ばれています。本願寺は1272年(文永9)宗祖親鸞の娘の覚信尼が東山大谷の地に仏堂を建て親鸞の御影を安置したのが始まりです。室町時代第八代蓮如の時代に教団は飛躍的に発展し、戦国時代には大きな勢力となって織田信長にも対抗しました。豊臣秀吉が六条堀川の地に本願寺を再興し、次いで徳川家康がこの地を寄進し、第十二代教如が堂舎を建てたのが本堂の始まりです。その後、たびたび火災に遭い、現在の建物はいずれも明治時代からの再建ですが、真宗寺院の典型的な様式と配置を示しています。親鸞の御影を安置する御影堂は阿弥陀堂よりも大きく造られて、高さ38m、正面の幅76m、内部は927畳の大広間です。

「御影堂」は世界最大級の木造建築とされており、木造建築の床面積としては国内最大です。現在の建物は、明治28年（1895年）に建てられたもので、国の登録有形文化財にも指定されています。
境内のほぼ中心に位置する和様の道場形式のお堂で、堂内は「内陣」「外陣」「参拝席」に分かれています。内陣の中央の間である「内陣本間」には、宗祖・親鸞聖人の坐像である「御真影」が安置されています。
　
また、御影堂の正面には、国の登録有形文化財に指定されており「京都三大門」の一つにも数えられる「御影堂門」があります。京都三大門はほかに南禅寺三門、知恩院三門があげられます。
高さは27mあり、文化財となっている国内の門としては最大の高さを誇ります。また、門の柱をつなぐ組子欄間は単なる装飾だけでなく、細工のない板壁より耐震機能に優れているということが分かっています。

御堂の再建するために大きな木を運搬する際、引き綱が切れるなどの事故が多かったと言われています。丈夫な引き綱が必要となり使用されたのが、女性の髪の毛と麻を原料として編まれた毛綱です。当時全国から53本もの毛綱が寄進されて使用されていました。その中で最も大きなものは、長さが110m、太さ40cm、重さ約1tとも言われ、いかに多くの髪の毛が必要であったかということがわかります。今でもその一部は境内に展示されています。

【東本願寺】･【御影堂】が一ツ星に選ばれています。