祭神の源経基（つねもと）は清和天皇の第六皇子貞純親王（さだずみしんのう）の子であり、天皇の孫であることから「六孫王」と呼ばれました。嫡子で、当社を創建した源満仲が清和源氏の武士団を形成したことから、「清和源氏発祥の宮」と称されています。
多田神社（兵庫県川西市）、壺井八幡宮（大阪府羽曳野市）と共に「源氏三神社」の一つとされる。

源経基はことのほか牡丹が非常に好きで邸宅に牡丹を植え、その花園が嵯峨まで続いているほどであったとの言い伝えから、神社紋を牡丹としたと伝えられています。
また、六孫王神社はソメイヨシノやしだれ桜など桜が美しく、境内にある黄緑色の桜が咲く、鬱金桜（ウコンサクラ）がや、紅白の桜とは異なる黄緑色の花を咲かせる遅咲きの八重桜「御衣黄（ぎょいこう）」など珍しい品種を楽しむことができます。

境内の鯉が泳ぐ神龍池に渡る太鼓橋は｢恋(鯉)の架け橋｣とも呼ばれ、良縁成就のご利益があると呼ばれるように、良縁成就を願いながら渡ると願いが叶うといわれ、最近ではパワースポットとして注目を浴びています。
　
池の側に満仲誕生のおり井戸上に琵琶湖の竹生島より弁財天を勧請し、安産を祈願し産湯に使ったと云う、誕生水弁財天社があります。子授け、安産のご利益で知られるとともに「京都七名水」のひとつにも数えられています。

※いただける御朱印の種類は、期間によって変わる場合があります。