境内には、光厳天皇光明天皇お手植えの国指定天然記念物「九重桜」、岩倉具視が御所紫宸殿から株分けしたといわれる「左近の桜」、後水尾天皇命名の一重と八重が一枝に咲く「御車返しの桜」など、名木と呼ばれる桜がある。開山は南北朝時代で、京北の山沿いにあり冬は雪に埋もれることも多く、雪の常照光寺は格別。４月中旬ころ。

黒田百年桜は京北の宮町にある春日神社の横にあり、八重の中に一重も交じる山桜の突然変異種で、樹齢３００年と言われている。桜守として知られる佐野藤右衛門氏らの尽力で、昭和４２年に「百年桜」と命名されて大切にされています。当時、樹齢およそ１００年であったこと、明治百年にあたることなどによる命名です。開花は市内より少し遅く４月中旬から下旬ころ。土日にかけて、黒田さくらまつりも開かれる。

昭和の初めに大石神社が創建されたとき、近くの大石内蔵助隠棲の地にあった桜を境内に定植、御神木とし、大石桜と名付けた。樹齢８０年ほど。ライトアップも行われる。桜まつりは４月第一日曜。開花は少し早く３月下旬ころ。

経堂横にある桂昌院お手植えの枝垂桜で、樹齢３００年といわれる名木。　境内には山桜、枝垂桜、染井吉野、彼岸桜、ボタン桜など約５００本の桜があり、早咲きから遅咲きまで1カ月間くらいは、桜が楽しめます。開花は４月上旬ころ。

余香苑完成当時に植えられた樹齢５０年ほどの紅枝垂桜。平安神宮にある紅枝垂桜の孫桜。門を入ってすぐにある左右の陰陽の庭、それぞれの白と黒の砂に枝垂れる桜の姿が特に京都らしい気がする。開花は４月上旬から中旬ころ。

出水の小川の向かいにある出水の枝垂桜。出水の小川は、疏水から市内各所に防火用に造られた水路の流れをくむが、この出水の小川自体は昭和の終わりころに造られたもので、現在は井戸から出水している。小川の向かいに立つこの１本桜はとても目立ち京都に桜の季節が訪れたことを知らせてくれる。近衛邸跡早咲きの糸桜などと共に３月下旬ころ開花。

霊宝館の中庭にそびえる「醍醐深雪桜」は、樹齢約１８０年という巨木。大きく横に広がっているため全体を写すと小さくなってしまう。開花は少し早く３月下旬ころ。醍醐寺境内では河津桜、霊宝館の枝垂桜をはじめ、三宝院の大紅枝垂、染井吉野、山桜、八重桜、そして金堂わきの大山桜が咲き終わるまで約１か月間、様々な桜が咲き誇ります。

樹齢９０年を越える早咲き枝垂れ桜。円山公園の枝垂れ桜の姉妹樹で、その樹勢はみごと。開花は少し早く３月下旬ころ。

樹齢120年を超えるこの桜は、もともと岩手県盛岡市にあったもので秋田県、三重県を経て、弘法大師が唐から帰朝して１２００年の記念として平成18年に移植された八重紅枝垂桜で不二桜と命名された。ライトアップが美しい。４月上旬ころ。

円山公園の枝垂桜は「一重白彼岸枝垂桜」という品種で、初代の枝垂桜は1947年（昭和22年）に枯れてしまったため、現在は2代目、初代は明治期、この地が公園になる前から植わっていたもの。初代の桜につながる桜が市内に点在している。ライトアップもされる。４月上旬ころ。