三十三間堂を塔頭に持ち、青蓮院、三千院と共に「天台宗三門跡」と称される程の格式のある寺院です。幕末に三条実美ら７卿が長州藩士と西下し長州に逃れる「8・18の政変（七卿の都落ち）」の舞台となった場所でもあります。
妙法院の建物内は通常非公開ですが、境内は自由に立ち入りができます。

桃山時代に作られた庫裏は、豊臣秀吉の「千僧供養」の際に使われた台所とされています。秀吉は方広寺の大仏殿を作った後、先祖の供養をするために毎年のように千僧供養を行っているのですが、その時の僧侶たちの食事を作った場所です。
入母屋造で、3層の屋根の上には「煙出し」がつけられるなど、豪壮な建物となっています。内部は土間、板間、座敷の3つに分かれており、土間と板間には天井板が張られていないため、建物の構造がじかに見える形です。
国宝に指定されています。

宸殿は檜皮葺のとても大きな建物で、中の仏間には中世以降の歴代天皇と皇后の位牌があり、祥月の法要なども行われています。また障壁画や歌人のかるた絵などが特別公開の際には展示されます。

本堂には象の上に仏様が乗る姿が印象的な普賢菩薩が本尊として祀られています。その他、狩野派の障壁画で飾られている江戸初期の大書院、大玄関が重要文化財に指定されています。さらに国宝の秀吉に宛てられた「ポルトガル国印度副王信書」など多数の寺宝を有しています。