本尊は地蔵菩薩立像で、991年に三井寺の快賢（かいけん）僧都により創建され古名を地蔵院、宝幢三昧寺（ほうどうさんまいじ）などと呼ばれていました。その後、火災により堂宇を焼失してしまいましたが、1259年に平政平により復興され、さらに1300年に円覚上人が、仏の教えを無言劇に仕組んだ「壬生狂言」を創始し大いに栄えました。昭和37年に本堂が焼失したため昭和45年に再建。
また境内北にある壬生狂言を演じる舞台、大念仏堂は1856年の再建で、狂言堂とも呼ばれています。幕末には壬生村に新選組の屯所が置かれことから、壬生寺境内は兵法調練場として使用されたといわれています。境内東方にある池の中の島にある壬生塚には近藤勇の胸像、芹沢鴨らの墓塔があります。
　
その他、京都十二薬師霊場第四番礼所本尊「歯薬師如来」、洛陽三十三所観音霊場第二十八番札所・中院本尊「十一面観音菩薩」、千体の石仏を円錐形に安置した「千体仏塔」も祀られています。

厄除け節分会は、壬生寺が京都の裏鬼門にあたるため、平安時代、白河天皇の発願によって始まったといわれています。約900年も続く歴史ある行事で、表鬼門にあたる吉田神社の節分祭と並んで大変有名です。境内には露店が立ち並び、全国からたくさんの参拝客や炮烙（ほうらく：厄除けのために奉納する素焼きの器）や厄除だるまを求める人が訪れます。

重要無形民俗文化財に指定されている壬生狂言は、正式名称を「壬生大念佛狂言」といい、京都三大狂言の一つです。
壬生狂言は、鎌倉時代に壬生寺を興隆させた円覚（えんがく）上人が始めたとされています。マイクや拡声器がなかった時代に、数十万人にも及ぶ群衆に分かりやすく説法をするため、身振り手振りの無言劇を思いついたといわれています。「カンデンデン」と呼ばれる鐘と太鼓と笛の囃に合わせて狂言が行われ、現在30の演目があります。壬生狂言には台本がなく、代々口伝で、700年前と変わらぬ形で継承されており、狂言を演じているのも壬生寺の信者の方です。
壬生狂言は春の大念佛会（4月21日～29日）、秋の特別公開（10月の連休の3日間）に行われます。また、節分会（2月2日・3日）には無料公開で、狂言演目「節分」のみを1日8回上演されます。
また壬生狂言の他に、8月のお盆の時季に行われる「六斎念仏」という念仏踊りも必見です。

阿弥陀堂の右にあり「おせき地蔵」とも呼ばれています。病気平癒や、幼児の夜泣き止めにご利益があると言われています。