毎年節分の日には多数の参拝者で賑わう吉田神社。
本殿は1648～1651年の朱塗春日造りの建築です。境内には大元宮のほか地域の氏神・雷除神として有名な神楽岡社、吉田兼倶を祀る神龍社、料理の神を祀る山蔭神社、お菓子の神を祀る兼祖神社など多彩な末社、摂社が多くあります。

本宮の南側にある山蔭神社は、吉田神社創建に貢献された藤原山蔭卿を祀る社です。山蔭卿は食物の調理、調味に秀でた人物で、自らが編み出した四条流庖丁式の創始者となりました。この山蔭神社は包丁の神・料理飲食の祖神として多くの料理店や業界の方々の信仰を集めています。

節分祭は毎年2月2～4日に行なわれ、全国各地より50万人の参拝者が詰めかけ、800の屋台も出て賑わう京都の一大行事の一つです。
1日18時からの追儺式は、平安時代初期の宮中行事を継承したもので、一般的には「鬼やらい」と呼ばれて親しまれています。悪鬼を追い払う方相氏（ほうそうし）が手に矛と盾を持ち、たいまつを持った童子をともなって登場します。災厄を象徴する赤鬼・青鬼・黄鬼が暴れ回りますが、それを追い詰めて弱らせ、最後は貴族たちが桃の弓で葦（あし）の矢を放ち、鬼たちを退散させて終了となります。
同じ日に行われる疫神祭は、当神社独特の厄除け法で、一年の無病息災を祈願するものです。疫神斎などの特別神符や、抽選券付きの厄除福豆等が人気を集めています。

一年で最も盛り上がりを見せるお祭りです。