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池泉回遊式庭園と枯山水の２つの庭園があります。
　
新緑や紅葉の頃は、滝の間の黒い板張りの床に景色が映り込み、圧倒されるほど美しい光景が見られます。これは「床みどり」「床もみじ」と呼ばれています。
　
「床みどり」は春の曇りの日に、「床もみじ」は秋の晴れの日により一層美しく写ると言われています。

本堂前には手水鉢と水琴窟が置かれ妙音を呈し、「十牛之庭」と呼ばれる、池泉回遊式庭園は禅の悟りにいたる道筋を牛を追う童子の様で十枚の絵に表した「十牛図」を題材にして造られています。庭には十牛に因み、牛に見える十の石が配されています。

庭園には、洛北で最も古い池と言われる栖龍池があり、もみじと竹林の中には山手に延びる遊歩道が続き、鐘堂を過ぎ、階段を上ると山上には徳川家康を祀った東照宮があり、裏山からは京都市内の展望や上からの「十牛之庭」が一望できます。

知る人ぞ知るもみじの名所で、庭と青もみじが楽しめます。

大書院前に枯山水庭園が広がっていて、国の名勝にも指定されています。白い砂を海に見立てて、２つの島があるように造られており、鶴島と亀島と名付けられています。樹齢400年とも言われる五葉松で鶴を表現し、その根元にあるのが、曼殊院型のキリシタン灯篭です。クリス燈籠、曼殊院燈籠とも呼ばれています。
　
四季を通して様々な花が咲き誇り、初夏には青もみじと庭園を楽しむことが出来ます。

修学院離宮の北西にあり、「もみじ寺」とも呼ばれるほどのもみじの名所です。境内と参道のかえでの「もみじトンネル」が見事で、多くの人々が訪れます。

水を司る神様・高龗神（たかおかみのかみ）を祀っている貴船神社や、夏の風物詩川床などが有名です。周辺には3000本ものもみじが植えられており、神社と織りなす光景は神秘的です。

義経・牛若のゆかりの地としても、知られており、近年では本殿金堂の前に広がる石床が最強のパワースポット「金剛床（こんごうしょう）」として若者にも人気です。

もみじの名所としても有名で、初夏には青もみじを楽しむことが出来ます。