永正年間（1504 - 1521年）に東渓宗牧（とうけいそうぼく）を開山とし、畠山義元、大友義長、大内義興らが創建したと言われています。創建年次は文亀2年（1502年）、永正元年（1504年）など諸説あります。
　
龍源院は大徳寺南派の寺院で、重要文化財の方丈、唐門、表門は創建当時のままの姿を残し、大徳寺山内でも最古の建物です。
　
珍品も多く収集されており、豊臣秀吉と徳川家康が対局したとされる「四方蒔絵碁盤・碁笥」や、徳川幕府の御用絵師だった狩野探幽が描いた「達磨図」、日本最古のものと伝えられる「火縄銃」、長谷川等伯の作と伝えられている２幅で一対となっている掛幅「猿猴図」などがあります。

方丈の周囲には、東に日本最少の4坪の坪庭「東滴壺（とうてきこ）」、南に白砂の中心に楕円形の苔島を配した「一枝坦（いっしだん）」、北には相阿弥の作庭と伝わる苔庭に三尊石組を配した「龍吟庭」という3つの枯山水庭園があります。
また、書院の南側に配されている阿吽の庭「滹沱底」（こだてい）」は、白砂が敷き詰められた石庭の東と西に基礎石が置かれており、対をなしていることから阿吽の石庭と呼ばれています。なお、阿吽の基礎石は、豊臣秀吉が建てた聚楽第のものと伝えられています。
開祖堂前庭「鶏足山（けいそくざん）」は、苔地に石畳、灯籠などが置かれています。