鞍馬寺は平安京遷都前奈良時代末期の宝亀元年（770年）鑑真和上の高弟、鑑禎上人が夢告により鞍馬山の上方に現れた宝の鞍を乗せた白馬の導きで登山、鬼女に襲われたところ枯れ木が倒れ毘沙門天に助けられ、難を逃れ、翌朝、そこに毘沙門天像があったので、毘沙門天を祀る草庵を結び本尊として祀られました。その後の796年(延暦15)に造東寺長官の藤原伊勢人が堂塔伽藍を建立し、千手観世音も合わせて祀られました。こうして、皇室・幕府から庶民に至るまで幅広い信仰を集めてきましたが、昭和22年に鞍馬弘教が立教開宗されて、鞍馬寺はその総本山となりました。
義経・牛若のゆかりの地としても、知られています。

鞍馬寺の中心道場で、本尊は三尊尊天です。
千手観音菩薩（月輪の精霊で慈愛の象徴）毘沙門天王（太陽の精霊で光の象徴）語法魔王尊（大地の霊王で活力の象徴）がお祀りされています。

そして、本殿金堂の前に広がる石床が最強のパワースポット「金剛床（こんごうしょう）」は、宇宙と一体化することのできる修行の場とされています。六芒星の中央に書かれた三角は三尊を表すとされているので、絶対踏んではいけないそうです。この場所で両手を大きく広げて宇宙と繋がることを試みる人も少なくないそうです。この強力なパワースポットを求めて、列ができていることもあるそうです。

鞍馬山の博物館となっており、１階は鞍馬山に生息する動植物の博物館となっており、2階が国宝である鞍馬寺経塚遺物や与謝野晶子の遺品などが展示され、3階の「仏像奉安室」では国宝「毘沙門天三尊像」重文「聖観音像」など、拝観することができます。