大徳寺北派の本庵であり、1509年に大徳寺76世住職大聖国師（古岳宗亘禅師）によって創立されました。本堂は入母屋造、銅板葺で我国最古の方丈建築遺構といわれ国宝に指定されています。建物内には相阿弥の「瀟湘八景図（しょうしょうはっけいず）」、狩野元信の「四季花鳥図」、狩野之信「四季耕作図」といった貴重な襖絵も飾られています。

また漬け物の「たくあん」を考案したとされる七世の沢庵和尚（１５７３～１６４６年）が２１歳の宮本武蔵に禅の極意を教えた所としても有名です。

庭園は室町時代の枯山水を代表する石庭で、狭い庭に無数の岩石を配して山と滝と渓流とを表わしています。
中央の背の高い観音石、不動石と称する2つの石が滝を現し、その左側に亀島、右側に鶴島が配されています。蓬莱山の滝（亀島と鶴島の間）から流れる水は、石橋の下をくぐり、一旦堰を落ちて大河となり、宝船に見立てた船石が浮かび、小亀の泳ぐ景色を見ながらついには方丈南庭の大海へ。また、滝の水が亀島の前を通って西へ流れれば、方丈北庭の中海へ注ぎ、まさに水墨山水画の世界です。