1601年（慶長6）5月、関が原の戦いで勝利した徳川家康は、上洛時の宿所として二条城の築城を決め、西国の諸大名に普請費用・労務を課しました。
1603年（慶長8）には現在の二の丸部分が完成し、家康は征夷大将軍補任の宣旨を受けた後、竣工間もない二条城に入城、将軍就任祝賀の儀を行いました。
1611年（慶長16）徳川家康と豊臣秀頼の会見が行われた後、徳川・豊臣の関係は悪化、1614～1615年（慶長19～元和1）大阪の役が勃発、その際に家康の本営となりました。
1624年（寛永1）に家光が将軍となると、天皇の行幸を迎える為、大規模な改修が行われます。寛永3年には、本丸・二の丸・天守が完成、現在の敷地規模となり、同年9月後水尾天皇の二条城行幸が5日間にわたり行われました。
1634年（寛永11）7月、将軍家光は30万を称する大軍を率いて上洛・入城して以後、幕末の動乱期までの約230年間、二条城に将軍を迎える事は絶え、歴史の表舞台から姿を消しました。
1750年（寛延3）8月、落雷により五層の天守が焼失、1788年（天明8）1月の大火によって、本丸御殿、隅櫓等が失なわれてしまいました。
施設の破損については修理が行われたが、失なわれた建物については再建されることなく幕末を迎えます。
1862年（文久2）第14代将軍家茂の上洛に際し、ようやく改修が行われました。二の丸御殿は全面的に整備修復し、本丸には仮御殿が造営されました。
家茂死去後の1866年（慶応2）12月、城内にて一橋慶喜が第15代将軍拝命の宣旨を受けますが、時代は討幕へと傾き、1867年（慶応3）10月、二条城に四十藩の重役が参集し、大政奉還の会議がなされました。そして二の丸御殿大広間にて慶喜が大政奉還を発表し、将軍職を返上しました。
その後は、城内に太政官代（現在の内閣）が置かれ、二の丸御殿内に府庁が置かれる等、明治新政府の政庁として使用されていましたが、1884年（明治17）に「二条離宮」として、宮内省が管轄する所となりました。
1915年（大正4）には大正天皇即位の大典が行われ、それに伴い南門や大饗宴場が造営されました。
1939年（昭和14）宮内省から京都市へ二条離宮が下賜され、翌年「恩賜元離宮二条城」として一般に公開される様になりました。

城内に咲き誇る山桜や里桜、内堀南側の「桜の園」や、北側の「清流園」などにサトザクラやヤエベニシダレ、八重紅枝垂桜など約220本の桜や庭園などを、600個を越えるライトにより華麗にライトアップするとともに、通路を足下灯で演出し、幽玄の世界を創出します。

【桜の本数】　約400本（ライトアップ区域は200本）

【二条城】･【二の丸御殿】が二ツ星に、
【唐門】･【庭園】が一ツ星に選ばれています。