その昔、寺へ入った皇女へ御所から人形が贈られてきたため、由緒ある人形を数多く保存しています。昭和32(1957)年の秋より人形展が始まり、宝鏡寺伝来のお人形などを一般公開するようになり、またその頃から人形供養も承るようになったことから、「人形の寺」と呼ばれるようになりました。
そして今では、春と秋の2回開かれる人形展に合わせて寺内を一般公開。また、10月14日の人形供養祭の日には全国各地からよせられた人形の供養が行われます。
また、人形のほかにも、姫君たちの遊んだ歌留多や双六盤（すごろくばん）など、姫君たちの生活を偲ばせる品々が、宝鏡寺には数多く伝えられています。

境内には人形の供養と京人形の振興を目的として人形塚が建てられており、御所人形像と武者小路実篤の歌が刻まれています。

尼門跡寺院で多くの皇女が歴代となり、このことから『百々御所』とも称されています。この「百々（どど）」は宝鏡寺のある百々町からきた名で、「十（とう）」が十集まって百になるので「どど」と読ませるようになったとも、百々氏という豪族が住んだ地のためとも言われています。

本堂には江戸初期の絵師・狩野探幽(かのうたんゆう)筆と伝わる「秋草図」と日本画家・河股幸和(かわまたゆきかず)が手がけた「葡萄と鹿」など趣の異なる襖絵が描かれています。そして書院には、円山応挙筆の小犬の杉戸絵や円山派の絵師による障壁画があります。また幕末、徳川１４代将軍家茂に降嫁した皇女和宮(かずのみや)が、幼い頃に遊んだ「鶴亀の庭」も見どころです。