1436年（永享8）本阿弥清信が日親上人を開基に請じて創建したのが本法寺の起こりです。はじめは東洞院綾小路にありましたが、1536年（天文5）法華の乱によって山徒に焼かれ、後に現在の地に移りました。江戸時代には後水尾天皇、紀州徳川家の保護をうけて繁栄しました。現代の経蔵、宝蔵のほかは天明の大火（1788）後に再建されたものです。
琳派の祖・本阿弥光悦の菩提寺です。
　
境内は桜の名所として有名なほか、秋には見事なイチョウの木が黄色く色付き、人々の目を楽しませてくれます。

安土桃山から江戸時代にかけて活躍した芸術家、本阿弥光悦作の枯山水庭園「巴の庭」は国の名勝で、枯滝石組(三尊石組）は室町時代の手法が施されています。３つの小ぶりな築山で巴紋を表現することからそう呼ばれており、枯滝・石橋の右手には光悦垣が。また、切石で作られた十角形の池が日蓮の「蓮」を、縁側前に半円を２つ組み合わせた円形石が「日」とし、日蓮宗を表現しています。
　　　　　　　　　
また、唐門前に巴の庭修復事業に伴い作庭された「十の庭（つなしのにわ）」は、９個の石と見る人の心にもうひとつの石（意志）が存在することから「十の庭」と名付けられました。ちなみに、数字を１から９を数えるときに「ひとつ、ふたつ」と最後に「つ」がつくが、10は「つ」がつかないことより「十」を「つなし」と読ませています。

安土桃山時代から江戸時代初期を代表する絵師長谷川等伯の縦10m横6mにもおよぶ「佛涅槃図」(国指定重要文化財)も見どころの一つ。京都三大涅槃図のひとつに数えられます。通常時は複製図の公開ですが、毎年特別寺宝展の開催時期限定で真筆が公開されます。
また、本堂前には本阿弥光悦お手植えの松と共に等伯の像が建っています。