南北朝時代1378年(永和4年)四条大宮に創建された妙覚寺は現在、上京区小川通上御霊前通東入ル北側にあり、聚楽第の裏門を移建した大門をくぐり、広い境内に入ります。室町時代の1483年（文明15年）には足利義尚の命で四条大宮から二条衣棚に移転します。
1532年（天文初年）頃、京都に法華宗二十一カ本山もあり、四条通の南北に広大な境内をもち、堀や土塁、構（かまえ）などの防衛施設を備えて城塞化、武装化を進めています。1536年(天文5年)の天文法難（天文法華の乱）で、法華宗二十一カ本山は共に焼き討ちされ、応仁の乱を上回る下京の全域、上京の三分の一ほども焼失し、堺に逃れます。1548年(天文17年)後奈良天皇の法華宗帰洛の綸旨により、妙覚寺も以前の二条衣棚で復帰建立されました。
小川通寺之内の百々橋（どどばし）界隈には1583年（天正11年）秀吉の大規模な京都都市改造により移転しています。その後、1788年（天明8年）天明の大火では大門など以外の大部分を焼失しますが、大門から北にのびる参道の正面、以前の本堂の位置に祖師堂が、客殿や方丈は境内西側に再建されその後、本尊が客殿に移され客殿が本堂となりました。

一時は本能寺とともに織田信長の上洛時の宿所とされ千利休による茶会も催されていました。妙覚寺大門は、豊臣秀吉が1590年に建設した聚楽第の裏門を1663年に移建したものと言われています。西本願寺の飛雲閣、大徳寺の方丈・唐門などとともに数少ない聚楽第の遺構です。

善明院、實成院、玉泉院

千利休による茶会も開かれていた妙覚寺は戦国の主役たちと深い繋がりがあります。特に斎藤道三とは父の長井新左衛門尉も妙覚寺の僧侶。道三も妙覚寺で得度を受け法蓮房と名乗る僧侶で、妙覚寺の十九世日饒上人は斎藤道三の息子です。そして小見の方との娘が織田信長の正室に嫁いだ濃姫です。また、長良川の戦いの前夜には日饒上人に美濃の一国は信長に譲ることや妙覚寺の管首こともすべて後顧の憂いなく…と、遺言状をおくっています。
また、将軍足利義輝など様々な人物の宿所になっており、中でも二十数回京都を訪れた織田信長の一番の定宿で十八回も宿泊をしています（本能寺には僅か三回）。

1532年（天文初年）当時、法華宗二十一カ本山もお城のようで
京都の中心部、洛中と呼ばれる上京・中京・下京区に集中して法華宗二十一カ本山があり、いずれも広大な境内をもち堀や土塁や構（かまえ）などの防衛施設を備え、町の自治と自衛のためにと積極的に城塞化や武装を進めています。妙覚寺も同様に広大で、町衆が中心の信徒には狩野家など芸術集団が多く、狩野永徳が描いた「洛中洛外図屏風」に描かれています。天文法華の乱では下京の全域と上京の三分の一ほども焼失し、兵火による被害規模は応仁・文明の乱を上回るものでしたが、十五本山も京都に戻っています。
妙覚寺の見所の一つが前庭・中庭・後庭に分かれる「法姿園」で特別拝観時にご覧いただけます。そして、大門（山門）にかかる桜が人気の妙覚寺、妙顕寺、立本寺の三寺はいずれも山号は具足山で「龍華の三具足（りゅうげのみつぐそく）」と呼ばれています。