鹿王院は、足利義満が建立した宝幢寺という寺の塔頭でしたが、宝幢寺は応仁の乱で廃絶し、その後は開山の塔頭であった鹿王院のみが残って寺籍を継いでいます。山門だけは室町時代のものが現存しているとされ、一休さんこと一休宗純も少年時代にこの門をくぐって参拝したことがあるといわれています。
本堂は江戸時代の再建で内部には運慶作の本尊「釈迦如来坐像」と「十代弟子」などが祀られています。

鹿王院の本庭には「駄都殿」とも呼ばれる舎利殿があり、内部の多宝塔には鎌倉時代に源実朝が宋から招来したと伝わる仏牙舎利（ぶつげしゃり）が祀られています。
この仏牙舎利は後奈良天皇、正親町（おおぎまち）天皇、後水尾天皇らも礼拝供養した由緒正しい霊仏であり、毎年10月15日の「舎利会（しゃりえ）」に開帳されます。
その他にも絹本着色夢窓国師二幅、絹本墨画出山釈迦像、紙本墨蘭石（らんせき）図、夢窓疎石（そせき）筆「臨幸私記」など国の重要文化財が所蔵されています。

秋には、山門をくぐると石畳の道に紅葉のアーチが続いている他、苔の美しさと水墨画のような竹林と紅葉が絶妙なコントラストを奏でます。
　
また庭園は、日本最初の平庭式の枯山水庭園で、京都市の名勝にも指定されています。なだらかな稜線の嵐山を借景に銘木と青苔が美しく、客殿からの眺めは壮観です。