平安京造営時に国家鎮護のために創建され、のちに弘法大師空海に下賜された。
徳川三代将軍家光が再建した五重塔（国宝）は、高さ約55ｍの日本一高い木造塔で、幕末、鳥羽伏見の戦いでは西郷隆盛が塔に登って戦況を眺め指揮をとったといわれています。
特別公開の初層内部は極彩色の文様で彩られ、密教の根本仏・大日如来に見立てた心柱を囲んで金剛界四仏が安置されています。また薬師三尊像を祀る金堂（国宝）、21体の仏像（うち16体が国宝、5体が重文）が立体曼荼羅を形成する講堂（重文）なども拝観できます。