794年、平安遷都に際し桓武天皇の勅願により王城守護の神として奈良・平安時代初期に不運のうちに薨じた八柱の神霊を神泉苑の「御霊会」で祀ったのが御霊神社の起源とされ、のちに明治天皇の御願により祭神五柱が増祀されました。平安時代には御霊信仰〔天変地異や疫病流行は怨霊のたたりであるとする信仰〕が盛んで、御霊神社は古来疫病除の霊社として有名です。室町時代になると、畠山政長が御霊の森で畠山義就と戦ったことから「応仁の乱」発祥の地と言われています。古くより皇室や時代の施政者から「産土神」「上御霊さん」として親しまれており、現在でも京都市上京区・北区の約１万3000戸の氏神様として崇敬されています。

上御霊神社がおこったころ天変地異が相次ぎ、悲運の中に亡くなられた高貴な人々の祟りだとされました。その人々の神霊を丁重におまつりすることによって、災いをなくそうという御霊信仰が生まれ、そのまつりは御霊会と呼ばれます。京都では多くの御霊会が行われますが、上御霊神社の祭礼はその発祥だそうです。

御霊会は御霊祭とも呼ばれ、毎年5月1日から18日にかけて周辺では御霊祭がおこなわれます。5月1日の「社頭之儀」からはじまり、5日と12日に氏子町の子供たち100人以上が担ぐ「こどもみこし」が巡行されます。17日は「宵宮」で御霊太鼓があり、18日の「渡御之儀」までが祭礼の期間です。
12日から19日は幸神社で「矢的鉾（やまとぼこ）」が、17日から19日は妙音堂（出町妙音弁才天）で「浪太刀鉾（なみたちぼこ）」が居祭りされ、17・18日は露店も並びます。

上御霊神社では、毎月18日に「さえずり市」が開かれます。手づくり品をはじめ、様々なお店が出ています。
※5月を除く