京都の社寺でも最も古い部類に入り、社伝では神武天皇の御代に祭神の伝承が見られます。いつごろ社殿が造営されたのかは諸説ありますが、奈良時代以前から幾度も社殿が造替された記録があります。
810年（弘仁1）以降約400年にわたって斎院が置かれ、皇女が賀茂斎王として賀茂社に奉仕しました。
他にも、『源氏物語』や『枕草子』等の王朝文学にしばしば登場する様に、この時代の文化、宗教の中心地の一つとして栄えました。
平安時代末期になると、全国に60余箇所もの荘園、御廚を持って勢力を誇りましたが、鎌倉時代、室町時代、そして戦乱の世になっていくにつれ、各地の荘園も絶えてしまいました。神殿守（殿司）と呼ばれる人々が全国をまわったのはこの頃の事で、賀茂神社を舞台とする能（謡曲）等に、そのころの様子を伺うことができます。
明治初年、全国の神社の代表として官幣大社の首位に置かれる事となりました。

社殿は1863年(文久3)再建の国宝の本殿二棟と重要文化財の殿舎五十三棟などがあり1994年(平成6)世界文化遺産に登録されました。

毎年5月15日都大路に王朝絵巻を繰広げる葵祭は有名で行列が当神社に到着すると｢社頭の儀｣が行われます。
賀茂祭（葵祭）は、544年（欽明天皇5）に始まり、当時祭りといえば賀茂祭を指した程、隆盛を極めました。平安遷都の後、王城鎮護の神として、また皇室の氏神として特別の信仰を受ける事となります。807年（大同2）には最高位である正一位の神階が授けられ、賀茂祭は勅祭とされました。

【下鴨神社】が一ツ星に選ばれています。