暦応4年(1341年)、足利尊氏将軍が、天龍寺の夢窓国師にお願いして、衣笠山の南麓に創建された臨済宗の寺です。義光・義正両将軍たちが、全力を尽くして立派にされた禅宗十刹の筆頭寺院であり、更に、尊氏・善詮将軍当時の幕府の地の近くにあった等持寺も移され、足利将軍家の菩提所になりました。応仁の乱の戦乱などに見舞われましたが、豊太閤も秀頼に立て直させたほど、この寺を重んじたそうです。
足利一五代、二三〇余年の歴史の貴重な文化財が保存されています。

現在の万丈(本堂)は1616年に福島正則が妙心寺塔頭海福院から移築された古建築です。
万丈の襖絵は、狩野興以が作ったもので、明治維新当時一部損壊し、更に等持院の境内に等持院撮影所ができたため破損がひどかったのだが、近年修復され、年に一回公開されています。

天龍寺や西芳寺（苔寺）の庭の作者として有名な夢窓国師が等持院開創当時に構築されたもので、三大名園の1つです。
万丈の北庭(書院の東側)は、草書体の心の字をかたどって作られた池庭で、奥深く静かであります。
また西庭は、芙蓉の花を形どった池があり芙蓉池と称されており、衣笠山を借景にした池泉回遊式で、南の方丈、西の書院、北の茶室・清漣亭（せいれんてい）の３つの建物に囲まれています。
義政好みの茶室清漣亭は小高い場所にあり、控えめなわびしいたたずまいです。

庭園には、多くの樹木、草が植えられ、春には樹齢400年の有楽椿やサツキ、夏にはサルスベリ、秋には芙蓉、紅葉など四季折々楽しむことができます。