天台宗のお寺で叡山の戒纂上人が984年（永観2）一条天皇の御母東三条院、藤原詮子の御願によって神楽岡東の離宮内に堂を建て、慈覚大師の作と伝えられる阿弥陀如来の像を安置したのが、この寺のはじまりです。その跡は現寺地の東北に当たり（元真如堂）、のち幾度か寺地を変え、1693年（元禄6）現在地に復しました。今の堂舎は1705年(宝永2)再建で、本堂の本尊、阿弥陀如来立像一体は平安時代、後期の作です。境内には後西天皇の皇女真珠院宮の墓をはじめ藤原氏一門や斎藤利三（さいとうとしみつ）明智光秀の重臣で春日局の生父の墓があります。また紅葉の名所として知られています。

涅槃の庭は書院東側にある東山を借景とした枯山水庭園です。北を枕にして横たわるお釈迦様とそれを取り囲む仏弟子や生類を石組みで表し、ガンジス川の流れを白砂で描き出し、桧などは沙羅の林を表しています。1988年曽根三郎氏によって作庭されました。
　
随縁の庭は2010年に重森千青氏によって作られた新しい庭です。
随縁とは真実は縁に因って様々な現れ方をするが、本質は変わらないことを意味するそうです。背後にある仏堂（位牌殿）の蟇股に付けられた四つ目の家紋をモチーフにデザインされた枯山水の庭です。

円仁が完成間際の阿弥陀如来に「比叡山の修行僧の本尊になってください」と言うと阿弥陀如来は首を振って拒否をし「それでは、都に下がって、すべての人々、特に女性を救済してください」と言うと阿弥陀如来が三度うなずいたという伝説から ”うなずきの阿弥陀”と呼ばれています。秘仏で一年に一度、お十夜結願法要の11月15日にご開帳されます。

真如堂の石畳の参道や境内の本堂や三重塔を、見頃の時期に紅葉が赤く彩る光景は、とても見応えがあります。境内の紅葉は場所によって色づく時期が異なるため、山門やお堂の裏などさまざまなシチュエーションと時期に紅葉を楽しむことができます。