平安時代、境内より良い香りの水が湧き出たことから「御香宮」と名づけられたという言い伝えがあります。もともと「御諸（みもろ）神社」と呼ばれていましたが、時の天皇・清和天皇から「御香宮」と名を賜り、境内から湧き出た水も『御香水』と呼ばれるようになりました。御香水は桃山の伏流水で、伏水・伏見（ふしみ）の地名の起こりとされ、現在でも霊水として、病気平癒、茶道・書道、生活用水として持ち帰られています。
　
また、ここで人気なのは、名水で占う“水占い”です。
おみくじをこの水に浸すと運勢の文字が浮き出るという仕掛けです。

昭和60（1985）年には、環境庁（現在の環境省）「名水百選」に認定されました。

神功皇后を主祭神としており、安産守護の神社です。
神功皇后は臨月の身でありながら朝鮮へ出兵し、帰国後、無事に御子（のちの応神天皇）を出産し、その強さから子育て・安産の神として崇められるようになり、全国の子育て・安産祈願の神社に神功皇后がおまつりされるようになりました。徳川御三家（紀伊・尾張・水戸）の頼宣・頼房・義直がこの水を産湯に使ったといういい伝えも残され、広く子育て・安産にご利益がある神社として知られるようになりました。

境内には本殿や表門、能舞台、絵馬堂など、桃山建築の特徴を持つ建物が目立ちます。
拝殿は、正面軒唐破風に手の込んだ彫刻「鯉の瀧のぼり」などが表現されており、極彩色の豪華さに目を見張ります。
また、表通りに面する表門は、1622年、徳川家が伏見城の大手門を拝領して寄進したと言われています。中国二十四孝を掘った蟇股（かえるまた：屋根の下の欄間の部分）の彫刻も非常に立派です。

10月上旬の9日間におこなわれる神幸祭は「伏見祭」とも「花傘祭」ともいわれる伏見随一の祭です。獅子一対・神輿3基、武者行列のほか、多数の氏子が出仕しての行列があります。1日目、8日目夕方から趣向をこらした大小の花傘が氏子各町から「アラウンヨイヨイ…」のかけ声で参加し、夜遅くまで多数の参拝者でにぎわいます。