江戸時代のはじめに加賀前田家の家老・今枝近義によって洛中からこの地に移されました。再興の際に、石川丈山、狩野探幽、木下順庵、黄檗の隠元禅師 木庵禅師等当時の著名文化人が協力したといわれています。本堂、鐘楼堂、井戸屋形、庭園は創建当時のままで、いずれも文人の残した貴重な文化遺産ともいえます。
参道横には、約3000体といわれる石仏が並んでおり、この石仏群は、京都市電河原町線の敷設工事に際して発掘されたものだそうです。

庭園には、種々の石造品があります。その中でも「蓮華寺形灯籠」と呼ばれる六角形の急勾配の笠をつけた特徴的な石灯籠は江戸時代には茶人たちに好まれ、その庭園は茶席の庭によく使われた、と伝えられています。石川丈山による、池泉回遊式庭園も美しく、亀頭石、舟石が池に表情を与えています。

池の周囲には紅葉が多く植えられており、特に秋の季節はコケの緑との対比が見事です。また、ほかにも春のシャクナゲや初夏の青もみじ、夏のサルスベリが要所に花を咲かせ、目を楽しませます。

1662年の創建時に建立され、本尊の釈迦如来坐像をはじめ、その左右には阿弥陀如来像、不動明王像を安置されています。天井にはかつて狩野探幽（かのうたんゆう）による龍図が描かれていましたが明治期に失われ、その後1978年に仏師・西村公朝によって復元されました。