創建は不明ですが、太秦にある秦氏ゆかりの社です。特に有名なのが、日本では珍しい三柱鳥居です。三つの鳥居を組み合わせた形で、三方から拝むことが出来る造りになっています。境内には三柱鳥居ほか「元糺の池」や「元糺の森」があります。嵯峨天皇が「糺」を下鴨神社に遷された際に、木嶋神社の森を「元糺」とされたことに由来すると言われています。観光客も少なく、ゆっくりとこの珍しい鳥居を観ることができます。
東本殿には養蚕・織物・染色の守護神が祀られています。また、末社として、石室の中に宇賀御魂神が祀られている白清社ほか、八社、椿丘社、顕名社、魂鎮社が建てられています。

古くは湧水がわいており、元糺の池（もとただすのいけ）と呼ばれてました。池の水面に鳥居が映り込み、それを目にした人たちは、さらに神秘と敬畏を抱き、祈雨の神として元糺の池は禊ぎの場所だったと云われています。

土用の丑の日、この池の水に手足を浸すと、一年間、無病息災で過ごせるといわれています。現在でも毎年、土用の丑の日に人工的に水を満たして禊ぎが行われ、参拝者が訪れます。下鴨神社の糺の森や糺の池は、この元糺の森と元糺の池がもとになったとも伝わります。