智積院は、真言宗智山派総本山の寺院です。
智積院の歴史は複雑で、紀州にあった大伝法院というお寺と豊臣秀吉が愛息鶴松のために建てた祥雲寺というお寺が関係しています。

智積院はもともと紀州根来山大伝法院（根来寺）の塔頭でした。
大伝法院は真言宗の僧覚鑁が1130年に高野山に創建した寺院ですが、教義上の対立から覚鑁は高野山を去り1140年に大伝法院を根来山に移して新義真言宗を打ち立てました。
智積院は南北朝時代に、この大伝法院の塔頭として真憲坊長盛が建立したもので、根来山内の学問所だったそうです。

近世に入り、根来山大伝法院は豊臣秀吉と対立し、根来攻めで全山炎上しました。当時、智積院の住職であった玄宥は、根来攻めの始まる前に弟子たちを引きつれて高野山に逃れ、新義真言宗の法灯を守るため智積院の再興を志しました。

十数年後、関ヶ原の戦いの徳川方が勝利した翌年の1601年、家康は豊国神社の付属寺院の土地や建物を玄宥に与え、智積院は復興しました。
その後、1615年に豊臣氏が滅び、隣接地にあった豊臣家ゆかりの禅寺・祥雲寺の寺地を与えられてさらに規模を拡大。山号を現在も根来に名を残す山「五百佛山」、復興後の智積院の寺号を「根来寺」とされました。

智積院の庭園は、利休好みの庭と伝えられ中国の盧山を形どって造られています。正面右側、石橋より奥の方は祥雲禅寺時代に造られたもので、桃山時代の特色である自然石のみを用い刈込を主体とし、また庭の外にある大木をも借り、深山の中にあるような奥行のある野性的な雄大さ勇壮さを感じさせてくれます。

智積院には大小の障壁画などの国宝をはじめ、多くの宝物や高僧の著作など貴重な古文書が伝えられています。なかでも有名なのは長谷川等伯一門による「桜図」「楓図」をはじめとする数々の障壁画です。
また、一風変わったところでは堂本印象によって描かれた「婦女喫茶図」など近代芸術の襖絵なども所蔵されています。
　
また秋には広い境内が紅葉で真っ赤に染まります。