1308年（延慶元年）に日蓮聖人の弟子であった日弁上人によって開かれ、京都における日蓮門下最初の寺院で、日蓮聖人門下京都十六本山のひとつです。
室町時代の応仁の乱(1467-1477)の兵火を逃れ丹波国亀山に移転、安土桃山時代の1599年に京都へ戻りました。江戸時代の1694年、天台宗だった宥清寺を改め、山号を青柳山と称して日蓮宗の妙蓮寺の末寺となりました。しかし、幕末の1863年には寺は荒廃していたといわれます。その後、186年廃寺同然だった宥清寺を日扇（にっせん）聖人が学問所として借り受け、後に佛立修学所と称するようになりました。戦後になると、本門法華宗から本門佛立宗が分離独立したことにともない、宥清寺は本門佛立宗の唯一の根本道場、大本山となりました。

本尊として十界大曼荼羅が安置されています。また、木造日蓮坐像（重文）は鎌倉時代作で、日蓮の肖像彫刻としては最古のものだといわれています。