穴太寺は慶雲二年(七〇五)の文武天皇の御世に大伴古磨によって創立されたと伝われています。
多宝塔の東部を借景にした庭園は、江戸中期から末期にかけての手法を表現した名園のひとつです。
安寿と厨子王丸が山椒太夫に捕らえられ、過酷な責めを受けた時、その苦しみを代わりに受けてくださった仏様といわれている厨子王丸肌守御本尊をおまつりしています。
安寿が厨子王丸を逃がし都へ上る途中、厨子王丸をかくまった寺の一つが穴太寺だったといわれています。
この肌守御本尊を厨子王丸が穴太寺に奉納し供養したと伝えられています。

本堂に安置されている釈迦如来涅槃像（なで仏）は、自分の病のある場所と同じところを撫でて、自分の体を撫でると病気を治してくれるといわれています。